A responsabilidade pela implantação do programa fica por conta dos ministérios do Desenvolvimento Agrário e Agricultura Familiar; do Desenvolvimento e Assistência Social, Família e Combate à Fome; do Meio Ambiente e Mudança do Clima; e do Trabalho e Emprego. Através de editais, serão selecionados projetos para serem financiados, aquisição de material de consumo ou capacitação para as atividades a serem desenvolvidas.
Entre os objetivos do programa, além do estímulo à agricultura sustentável, está a geração de renda e segurança alimentar. Além disso, busca-se tornar os espaços urbanos mais resilientes às mudanças climáticas. A ação também incentiva a transição agroecológica, a conservação das águas e do solo, e a restrição do uso de defensivos e insumos químicos de alta toxicidade.
Também são esperados projetos para a circularidade dos alimentos, que envolvam a produção, distribuição, consumo e reciclagem de resíduos orgânicos. A meta é reduzir o desperdício alimentar, reunindo em um mesmo empreendimento o ciclo completo.
Além disso, o Programa Nacional de Agricultura Urbana e Periurbana poderá apoiar a criação de programas nos estados, no Distrito Federal e nos municípios. Para isso, a unidade federativa terá que aderir voluntariamente à iniciativa, sendo prioritárias as regiões periféricas e de vulnerabilidade social. As iniciativas poderão ser financiadas com recursos do novo programa, das unidades federativas, de entidades privadas e organismos internacionais.
Para estabelecer as diretrizes, o planejamento e o monitoramento das ações do programa, foi criado o Grupo de Trabalho do Programa Nacional de Agricultura Urbana e Periurbana. Esse grupo conta com a representação dos ministérios envolvidos e do Conselho Nacional de Segurança Alimentar e Nutricional.